1、感染流脓：肛瘘一旦形成，自愈的机会极少，并带来一系列的危害。首先肛瘘感染发炎后，肛门疼痛剧烈，溃破后脓水污染内裤，脓汁刺激局部皮肤，肛门瘙痒剧烈。久而久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，发作亦越频繁。

2、瘘口、瘘管增加：肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的生理功能。

多次反复发作形成多发性、复杂性肛瘘

3、患癌危险：肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器。此外，超过十年的肛瘘有一定的癌变几率，所以肛瘘一定要早发现、早治疗，不要拖延，增加治疗难度。

4、肛门失禁：任由肛瘘发展，可对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症。

5、危及邻近器官：肛瘘是一种多发性疾病，长期拖延可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，如此，危及周围脏器也就势在必然。另外，如果是多年未愈(指没有彻底治愈)，发生癌变的可能性偏大。

6、影响肛门的正常功能：肛瘘和肠炎一样，不是一朝一夕就能治好的，即便是治疗好了，护理不当也会造成复发，只要是反复发作，脓液就可穿破瘘管壁顺括约肌间隙蔓延，进而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，还严重地影响了肛门的正常生理功能。